输卵管囊肿确实有的是恶性的，也有的只是输卵管积水的问题，是炎症表现。这时需要通过做进一步的检查才能够明确，现在认为很多的卵巢癌是来自输卵管的恶性肿瘤的转移。
所以检查到有输卵管积水、输卵管囊肿的情况，也是一样要做肿瘤标志物的检查，必要时也是要因此而进行手术治疗。尤其是育龄期女性要求怀孕的情况，更是要进行及早的腹腔镜治疗。
如果是有明显的炎症表现，有明显的腹痛或者是发热等症状，也是要先进行消炎治疗，然后才能够有各种操作。