双肾结石可轻可重，轻者可以完全治愈，重者可以导致肾功能衰竭。
如果双肾结石能被早诊断并早治疗，是可以完全治愈的。尤其是对于一些直径比较小的疏松且数量少的结石，预后好。比如直径在0.6厘米以下的小结石不需要特殊处理，通过多饮水，适当运动就可以随着尿液自己排出体外。
如果结石体积较大而且为多发结石，质地很坚硬和周围组织粘连严重。如果还合并了肾盂积水、肾盂肾炎或未及时诊治，已导致了肾功能衰竭或肾萎缩，则提示病情严重，而且治疗难度增加。