颅骨修补手术的并发症通常包括头皮的感染、颅脑的出血和比较少见的排斥反应。颅骨修补术相对比较简单，但手术仍然存在着并发症的出现。
第一，颅骨修补手术可能存在术中及术后不同的因素，导致患者出现头皮感染发生。
第二，颅骨修补手术可能因手术操作过程当中的损伤，或者是止血不完善而导致患者出现术后硬膜外以及脑内血肿。
第三，极为少见的可能是患者对修补材料发生排斥反应，而引起患者伤口发生皮下积液、伤口经久不愈等并发症发生。