颅骨骨膜窦的并发症一般最常见的是血管异常，比如海绵状血管瘤、颅内静脉畸形，或者是血管扩张导致出血。
自发性的颅骨骨膜窦通常发病比较缓慢，一般没有症状，随着病情的发展，会有不同程度的血管扩张，严重的时候会造成出血。外伤性颅骨骨膜窦会导致血管瘤、毛细血管扩张、血管痣等并发症。病情初期症状不是明显，有局部的膨胀感，人体坐立时并没有明显的肿物，但是仰卧或者俯卧时就会有明显的肿块。
颅骨骨膜窦通常可以采取手术的方法来治疗，术后恢复比较良好，一般不会导致后遗症。