对于非感染性肠道炎症，多数发病和季节没有明显的关联。对于感染性腹泻，夏季的发病率一般高于秋季。所以秋季肠炎的发病率比起其他季节，并没有明显地增加，不是秋季更容易得肠炎。
秋季气候变化大，如果没有及时增减衣物，或饮食不当、各种病原体感染，也可以引起腹泻。但是其治疗原则和其他季节的腹泻并没有不同，都是针对病因应用解痉止泻药物。根据病原体应用抗病毒药物和抗生素，积极补液纠正电解质紊乱。
秋冬交替和冬春交替好发的消化道疾病是消化性溃疡，临床上可以出现腹痛、反酸，必要时需要做胃镜检查明确诊断。