腘窝囊肿合并钙化一般能够治愈。儿童与成人的腘窝囊肿有一定差别，儿童常不与关节相通，极少合并关节内病变，一般可自愈；成人常伴有关节内病变，手术切除囊肿的同时要治疗关节内病变，否则易复发。
原则上腘窝囊肿均应切除，术前行关节镜检查，大部分可用后内侧切口或后侧切口，术后常规送病理化验，大多数患者为良性囊肿，正规治疗后一般可痊愈。术后行直腿抬高及股四头肌练习，无症状的不需治疗，也可穿刺抽液，局部注射，效果较好。