藿香正气水不能治疗灰指甲。藿香正气水主要适用于因为感冒风寒而引起来的湿热症状。藿香正气水也是一种解暑的中成药，可以缓解中暑时候一些临床症状。
灰指甲是由于真菌感染指甲而引起的一种感染性皮肤病。灰指甲的治疗一定需要足量、足疗程的抗真菌治疗，否则容易反复发作，影响患者的生活质量。
治疗灰指甲一般需要口服抗真菌药物来进行治疗，比如伊曲康唑胶囊、盐酸特比萘芬片等，同时配合外用阿莫罗芬擦剂或者特比萘芬凝胶来进行持续涂抹。灰指甲治疗期间要严格监测患者的肝肾功能。