葡萄球菌感染是否需要使用万古霉素，要根据其药敏试验来决定。因葡萄球菌的种类有很多，其对抗生素的耐药程度亦有不一样。
如果葡萄球菌对青霉素类的药物是敏感，此时可以选择青霉素类或一代、二代头孢菌素类消炎药治疗，有时还可以联合大环内酯类、林可霉素类等药物。
如果患者为金黄色葡萄球菌，要注意其耐药性。如果痰培养提示其为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌，此时青霉素类、头孢菌素类药物对其是无效，患者则需要选择糖肽类药物，常选择万古霉素的抗感染治疗，此类药物能起到杀菌的作用。但有时部分金黄色葡萄球菌为耐万古霉素的菌株，患者则需要选择利奈唑胺或其他抗阳性球菌的敏感消炎药。