非典治愈的后遗症以肺间质纤维化最为常见，患者可以表现为活动耐力的下降以及肺功能的损害，肺功能检测时往往提示限制性通气功能障碍和弥散功能障碍。非典的后遗症还包括肝肾功能损害以及大量使用激素以后引起的股骨头坏死和骨质疏松。
事实上，对于轻症的非典患者治愈后往往没有明显的后遗症，只有危重症的患者才可以出现肺纤维化及肝肾功能损害等后遗症。
因此，对于非典必须早发现、早治疗，才能增加治愈率，减少后遗症的出现。