肠瘘有可能会与消化道穿孔之间误诊，因为两者都是由于空腔脏器穿孔所导致的。两者都会导致消化道内容物流入腹腔，引起腹腔局部或者弥漫性感染，也会导致急性腹膜炎症状。
症状上两者也比较接近，都会出现腹痛、腹胀，有些也会伴有消化道症状例如恶心、呕吐、会出现发热、畏寒、寒战等全身症状。体征方面两者都会表现为腹肌紧张，局部或者全腹压痛以及反跳痛，实验室检查两者均会表现为炎性指标增高。
但根据患者的病史大部分都可以鉴别。因为消化道穿孔大多是原发的，以胃十二指肠穿孔最多见；而肠瘘大多是继发于手术以及外伤。