急性结膜炎主要针对病因治疗，局部给药为主，必要时全身用药，禁忌包扎患眼。
当结膜囊分泌物较多时，可以用无刺激性的冲洗液，如生理盐水或3%的硼酸水冲洗结膜囊，每天1到2次，消除结膜囊内的分泌物。
急性结膜炎有一定的传染性，可以造成流行性感染，必须做好预防，应该注意个人卫生和集体卫生，勤洗手、洗脸，不用手和衣袖擦眼，患者需要隔离，一眼患病时，应有防止另一眼感染。
严格消毒用过的洗脸用具、手帕及接触的医疗器皿，选用敏感的抗生素或抗病毒眼药水频繁滴眼，必要时根据病原体培养和药敏试验，选择有效的药物治疗。