先天性胸腹裂孔疝的并发症包括，胚胎时期疝入胸腔的内容物压迫肺组织，导致肺发育不全，表现为支气管、肺泡数量减少、肺容量减少。
出生后由于发育不全的肺功能差而出现低氧血症，同时由于肺血管阻力大，患儿又恢复胎儿循环，形成右向左分流，加重低氧血症。
自动呼吸反射促使呼吸频率和心率增快、耗氧量增大，进一步加重缺氧，产生呼吸性酸中毒和代谢性酸中毒，压迫导致的纵隔移位使大血管扭曲，回心静脉血量减少，造成低心排血量。
另外先天性胸腹裂孔疝的患者，还可能合并有小肠旋转不全、高位肾和支气管囊肿等并发症。