腱鞘囊肿的治疗方法与腱鞘囊肿的严重程度有一定关系，如果腱鞘囊肿较小，没有引起疼痛和肿胀感，关节活动也不受限，可进行物理疗法，比如微波烤电治疗，囊肿会逐渐的消失，也可对囊肿进行局部的按摩。
如果囊肿体积较大，引起了疼痛以及关节受限的症状，引起了剧烈的疼痛，关节活动也受到了明显限制，应考虑进行手术疗法，将囊肿囊壁进行切除，在手术后大多数都能够根治。
在治疗期间，患者应注意患处的保暖，不要进行频繁的活动，合理膳食，以清淡饮食为主。