因为膈肌麻痹对婴幼儿呼吸功能的影响较大，因此在治疗膈肌麻痹时。对于婴幼儿，首先应考虑给予呼吸机辅助机械通气，主要包括持续气道正压通气。另外，选择患侧卧位。，也可以改善呼吸功能。
对于不能脱离呼吸机的患者，临床可以选择行胸腔镜下或开胸膈肌折叠术。通过对患侧膈肌的固定，可以最大程度的降低反常呼吸运动及纵隔摆动，从而改善患者的呼吸、循环功能，帮助患者摆脱对呼吸机的依赖。
一般对于2岁以上的患者，多数时候应采取非手术的方法治疗膈肌麻痹。