霉菌性耳道炎治疗需要将分泌物清理干净，并局部使用药物治疗。
霉菌性耳道炎患者耳道内会有大量的分泌物，主要是霉菌块，治疗需要先将霉菌块清理干净，这种操作最好到门诊进行，一般可以使用硼酸溶液清洗，然后局部使用抗真菌药物，例如氟康唑滴耳液。如果使用的是药膏，一般要用棉签蘸取后均匀涂抹。
另外，霉菌性外耳道炎也有可能是其他疾病导致的，例如糖尿病，需要治疗原发疾病，霉菌性耳道炎才能得到控制。如果是病情反复难以治疗，需配合全身用药。