霉菌性外耳道炎的治疗，主要通过下列几种方式进行：
1.耳道的清理。因为霉菌性外耳道炎患者，耳道内通常会因为霉菌的感染而出现很多的脏污的物质。因此，在进行治疗前应当首先对外耳道内存在的脏污物质进行清除。同时可以使用碘伏等对外耳道进行擦拭，保持外耳道的干燥卫生。
2.经过上述处理以后，可以考虑在外耳道局部涂抹制霉菌素等抗霉菌的药物，可以起到治疗霉菌感染的功效。大多数患者在使用抗霉菌药物治疗后，霉菌的感染都可以良好地缓解或消退。