真菌性鼻窦炎和细菌性鼻窦炎的区别，主要在于下列几个方面：
1.造成疾病的致病菌种类不同。真菌性鼻窦炎是由于鼻窦腔内真菌感染所造成；而细菌性鼻窦炎则是由于鼻窦腔细菌感染所造成。
2.治疗时所使用的药物不同。真菌性鼻窦炎在治疗时，主要使用的药物为伊曲康唑等抗真菌类型的药物；而细菌性鼻窦炎在治疗时，则多使用头孢或青霉素等抗生素类药物。
3.主要治疗方法不同。真菌性鼻窦炎的治疗以手术治疗方式为主；但细菌性鼻窦炎的治疗则是以药物治疗为主。