骨化性肌炎如果治疗后护理不当，或者没有完全治愈，会有一些后遗症出现的。
骨化性肌炎最常见的后遗症是吞咽或者呼吸困难、肺部纤维化、关节疼痛、发热等，还有些患者内脏和皮肤也会出现不同程度的损伤。
骨化性肌炎在受到严重创伤，或者关节功能锻炼时，出现较剧烈的被动活动时比较容易患病。治疗上主要是服用消炎止痛的药物，要抬高患肢、局部理疗、针灸、推拿等综合性治疗，大都可以起到比较明显的效果。骨化性肌炎轻度的可能会自愈，严重的要及时根据具体的病情选择合适的治疗方案，尽最大可能避免后遗症的出现。