椎间孔镜术后是会留下后遗症的，椎间孔镜术可能会导致入路损伤。
在手术过程中，由于手术本身因素，不可避免地会留下一些后遗症。但是椎间孔镜手术后，可以保留脊柱的结构和功能，后遗症是非常少的。针对神经压迫比较严重的患者，比如大小便功能出现异常，或是肢体部分肌肉瘫痪、麻木等状况。即便通过手术，也不一定会完全恢复，可能会出现后遗症的情况。
另外，有部分患者在手术过程中，取间盘时会比较困难。因此会对部分神经产生刺激，同时需加强术后护理。