大部分新生儿胎记，病因不明确，可能与遗传因素有关系。咖啡斑可能与蓝光治疗、遗传因素有关系。主要与皮肤色素细胞增多、活性亢进有关系。
婴幼儿血管瘤发病原因不明，可能与血管因子失衡有关系。太田痣随着婴儿增长颜色加深面积扩大，与胚胎发育期黑色素细胞，由神经脊向表皮移行时出现障碍，滞留在真皮内导致色素沉积。皮脂腺痣颜色可以是红色或者紫色，可以成片出现，外观圆形或者卵圆形，边缘不整齐。可能与先天性外胚层，发育异常有关系。
鲜红斑痣在哭闹、咳嗽、情绪紧张时颜色变化，皮损大小不定，形状不规则，边界清楚，可能与胚胎枝芽内原始血管发育障碍，或者异常导致。