引起婴儿肛周脓肿的原因是婴儿出生后，体内雄性激素水平增高，过高的雄性激素会使肛管内的肛腺腺体分泌旺盛，肛腺在分泌过程中，因某种原因受阻，容易引起局部感染而形成脓肿。
另一种原因是婴儿肛门局部免疫功能尚未成熟，如果不注意肛门局部卫生，或者患上抵抗力下降的疾病，婴儿腹泻都会引起肛周感染，形成脓肿。
婴儿肛周脓肿多见于男孩，会在肛周发现一肿块，肿块疼痛、红肿，破溃流脓或切开引流后，一般会形成肛瘘，需要进行手术治疗。