根据患者感染的方式以及机体的免疫状态不同，临床表现也不同。先天性感染有部分患者可以出现流产、死产，分娩的婴儿中只有5%的出现典型的症状等，出现多系统、多脏器受累。还有5%出现不典型的一些表现，大部分处于亚临床型。
由于巨细胞病毒主要侵犯单核巨噬细胞和中枢神经系统，所以临床主要表现为小于胎龄儿、小头畸形、黄疸、肝脾肿大。围生期感染主要是通过出生的产道以及宫颈逆行感染、产后哺乳等。
患儿可以出现呼吸道、消化道症状，比如气促、紫绀、黄疸、肝脾肿大。肺炎合并呼吸衰竭是主要病死原因。