卵巢巧克力囊肿，也称卵巢子宫内膜异位症，约80%的病变，累及一侧卵巢，累及双侧占50%。
卵巢异位内膜病灶分为两种类型：
第一是微小病变型。
第二是典型病变型，又称囊肿型，移位内膜在卵巢皮质内生长形成单个或多个囊肿，称为卵巢子宫内膜异位囊肿。囊肿表面呈灰蓝色，大小不一，直径多在5厘米左右，大至10-20厘米。典型情况下，陈旧性的血液聚集在囊内，形成咖啡色粘稠液体，似巧克力样，俗称卵巢巧克力囊肿。因囊肿周期性出血，囊内压力增大，囊壁易反复破裂，破裂后囊内容物刺激腹膜发生局部炎性反应和组织纤维化。导致卵巢与邻近器官组织紧密粘连，造成囊肿固定、不活动。手术时，囊壁极易破裂，这种黏连是卵巢子宫内膜异位囊肿的临床特征之一。