长期使用含氟牙膏对身体有一定危害，如果儿童使用含氟牙膏的时间比较长，会导致氟斑牙，牙齿的颜色会比较黄。并且由于儿童的危险意识比较差，如果将含氟牙膏吞咽会刺激肠胃，会出现一些不适症状，严重的会有中毒的情况。
另外，有些人由于长期使用含氟牙膏，会引起神经系统病变。
但是含氟牙膏也有一定好处，可以适当使用。因为氟离子可以提高牙体硬组织的抗酸能力，可以延缓对牙齿的腐蚀，对于预防蛀牙有效果。