隐球菌病是由新型隐球菌感染所引起的亚急性或慢性深部真菌病，主要侵犯中枢神经系统和肺。一般治疗有积极治疗原发病、去除病因、加强护理和支持疗法等。抗真菌治疗可选用氟康唑、伊曲康唑、氟胞嘧啶、两性霉素B及其脂质体等。
对于严重患者，予静脉应用两性霉素B后口服氟康唑的标准治疗方法。在其它抗真菌药效果不佳时，伏立康唑有一定的治疗效果。对皮肤黏膜隐球菌病除全身用药外，还应辅以局部处理。另外，还可应用多烯类抗生素，是目前治疗隐球菌病、组织胞浆菌病和全身念珠菌病的首选药物。