大便红色伴有肛门疼痛，应该到医院进行便常规、直肠指诊和肠镜检查，根据检查结果进行相应的治疗，常见的病因如下：
1.痔疮。痔疮可以引起肛周疼痛伴有鲜血便，或排便后有鲜血滴于便上，通过直肠指诊和肛门镜检查可以诊断。轻症病人可以通过调整饮食保持大便通畅，温水坐浴以及应用痔疮栓剂治疗。严重的病人，可以采用内镜下治疗或手术治疗。
2.炎症性肠病的直肠肛周病变，是炎症性肠病的一种，可以通过结肠镜、小肠CT、小肠镜等诊断。可以应用氨基水杨酸类药物，或糖皮质激素、免疫抑制剂等进行治疗。
3.肛裂、肛周脓肿等，可以有肛周疼痛和出血，需要应用抗生素治疗，必要时外科手术。
4.直肠肿瘤。比如直肠恶性肿瘤，可以排便时肛周疼痛伴有血便，可通过结肠镜、活检做组织病理学等检查确诊。首选手术治疗，不能手术的可以选择化疗或靶向治疗。