临床上可导致慢性腹泻的原因有很多，根据不同的病因采用不同治疗方案。
1.慢性感染性腹泻。由于各种病毒 、细菌及寄生虫感染所致的腹泻，主要是治疗原发病为主，根据不同的病原体应用抗病毒药物、抗生素等对症治疗。
2.炎症性肠病。炎症性肠病所致的慢性腹痛腹泻，主要应用美沙拉嗪治疗，效果不理想的还可以应用激素和免疫抑制剂治疗。
3.肿瘤。肿瘤所致的慢性腹泻，需要根据肿瘤的部位、分期，采用手术或化疗的方法。
4.代谢内分泌疾病。甲亢、糖尿病所致的非感染性腹泻，还是以治疗原发病为主。
5.功能性腹泻。肠易激综合征等，需要应用肠道益生菌、解痉药治疗，如合并有焦虑抑郁等症状，还需要加抗焦虑抑郁的药物。
6.胆囊切除术后及慢性胰腺炎所致的腹泻，可以加用胰酶制剂和肠道益生菌治疗。