眼眶粘液囊肿多原发于鼻窦，侵入眶内。局限于鼻窦时，缺乏症状或体征，或者只有轻微的头痛，囊肿增大出现局部胀感或疼痛。侵入眼眶后，在不同部位症状表现不一。发生额窦或筛窦者，囊肿压迫眼球向外、向下方移位、眼球突出。眶内侧或内上象限扪及软性肿物，眼球向内侧转动受限，囊肿压迫眼球可以导致屈光不正及视力减退。
额窦巨大粘液囊肿可以引起博动性眼球突出。原发于后组筛窦和蝶窦者，早期就出现视力减退，容易误诊为球后视神经炎。上颌窦粘液囊肿，临床表现多样，可引起眼球突出或眼球内陷、复视、下睑变形、眶下神经分布区感觉异常、流泪及视力减退等。