肛周脓肿的早期症状是先感觉肛门周围有一肿块，微感疼痛或者感觉肛内刺痛或者坠胀痛，继而疼痛加重。
肛门周围肿块增大、红肿热痛、质地较硬，严重者可有发热、坐卧不安、全身倦怠、大便困难等。如果不及时有效治疗，往往在7~10天左右可形成脓肿。脓肿形成后，局部触诊可有明显的波动感。
如果脓肿自行破溃或者经过手术切开引流后，流出了黄白色脓液，疼痛可逐渐缓解或者消失，局部包块可逐渐消退。其它症状也可以逐渐消失，进入第二病程肛瘘。