绝大部分囊肿如果体积较小，一般都没有明显的症状，而且囊肿绝大部分是良性的，所以生长缓慢。
如果出现症状，首先如果囊肿长得太大，它会压迫正常的器官引起不适，比如颈部的囊肿会压迫气管引起呼吸困难、肝肾囊肿压迫引起腹胀不适，严重的引起肝肾功能衰竭。
胰腺囊肿会压迫胃肠道引起肠梗阻，巨大的卵巢囊肿会出现蒂扭转引起剧烈腹痛，或者出现了囊肿破裂的情况，如卵巢巧克力囊肿容易破裂引起剧烈腹痛，或者出现了癌变的情况侵犯了正常的组织器官，也引起其他相应的症状和表现。