亚急性心内膜炎治愈率还是比较高的，只有少数亚急性心内膜炎会遗留有后遗症，个别的反复复发的心内膜炎可能会危及生命。
对于亚急性心内膜炎，一定要采取积极的治疗措施，在治疗时要做细菌培养加药敏试验检查，并根据药敏试验结果选择最敏感的抗生素治疗，一般需要联合2种或2种以上的抗生素，大多数情况下一疗程是4-6周。少数严重的亚急性心内膜炎的治疗时间比较长，可能会达到2个月。
如果是真菌感染引起的亚急性心内膜炎，治疗时间会更长，有时候需要6个月左右的时间，严重的还需要手术治疗。