肠瘘和肛瘘主要的区别在于发生的部位不一样。
肠瘘多数发生在腹部的一些结直肠或者是小肠，而肛瘘主要是由于在肛门直肠周围脓肿破溃以及切口引流后遗症所引起，肛门与皮肤会阴部形成肉芽性的管道，这种情况是比较常见，肠瘘多见于一些肠道的手术之后出现一些变化症，因此两者发病的机理是完全不同。
另外肛瘘通过简单的手术，有可能达到彻底治愈，但是肠瘘的治疗是比较复杂，有时往往需要很长时间，才能够逐渐达到愈合，甚至需要进行二次手术的方式进一步的处理。