骨延长的缺点就是在手术以后可能会存在一些后遗症。在手术过程当中，如果钉孔没有进行消毒或消毒不规范，在术后有可能会导致钉孔部位感染，有可能会引起骨髓炎。
在延长以后，有可能会导致下肢的立线出现改变，造成双下肢不一样长，从而使患者在走路时出现跛行。
在手术过程当中，如果操作不规范，很有可能会导致神经或血管的损伤。在严重时会导致肢体瘫痪，这种概率较低。由于在手术以后，手术切口部位会留有瘢痕，有可能会影响到局部的美观。