巧克力囊肿是会导致痛经的。因为巧克力囊肿主要是由于子宫内膜异位所导致，子宫内膜异位就可能会导致痛经的症状。
一般巧克力囊肿多是由于患者遗传因素、经血逆流、免疫系统低下、体内雌激素水平较高或者是生殖道发生异常等，都可能会导致巧克力囊肿的现象产生。
患者就会出现盆腔疼痛，例如痛经，建议患者可以适当的服用一些抗炎药物来缓解治疗，若症状一直没有好转，应及时去医院进行相应的检查，根据医生的建议来对症治疗。平时应注意饮食习惯，保持情绪稳定。