临床上乳管内乳头状瘤的治疗主要以手术切除为主。一般单发的乳管内乳头状瘤要及时切除病变的乳管系统。如果病理检查显示为恶性，应该对患者实行乳腺癌改良根治术。
如果患者年龄比较大，乳管上皮增生活跃，可以行单纯的乳房切除术。在临床上，乳管内乳头状瘤一般属于良性肿瘤，它的恶变率只有6%到8%，对起源于小乳管的乳头状瘤应该引起足够的重视，因为有恶变的可能。
临床上如果显示为恶性肿瘤，要及时采取相应的治疗办法，以便得到根治。