高位肛瘘是指瘘管位于外括约肌深部以上，分为高位单纯性肛瘘和高位复杂性肛瘘。
高位肛瘘的内口，一般会在齿状线附近的肛隐窝处。高位肛瘘一般属于肛瘘中比较严重的一种，治疗一般需要通过手术的方式处理，手术过程中需要明确的确定瘘道的位置和内口的位置。完全的清除瘘管处理好瘘管以后才能达到治疗的目的，防止发生术后复发。
术后需要定期换药，局部中药熏洗、红外线理疗，保持良好的生活习惯，注意休息，避免受凉、劳累，避免饮酒。饮食方面多吃一些蔬菜和水果，以高蛋白饮食为主。