急性脑炎的后遗症主要表现为记忆力减退、认知能力下降、肢体运动功能障碍以及言语功能障碍等，一些病人也可出现吞咽困难、眼球麻木等后遗症，部分病人还可遗留继发性癫痫的后遗症。
如果合并神经功能不全，没能得到及时有效地治疗，还可能会引起迟发性脑萎缩，进而可能会导致痴呆症的后遗症，严重者还可能会出现瘫痪。因此，针对急性脑炎应及时就诊，及时对症治疗，防止病情加重，对脑神经功能造成不可逆的损伤。
另外，当出现急性脑炎后遗症时，一定要积极对症治疗，同时合理地进行康复功能锻炼，促进后遗症恢复。