低位肛瘘一般行肛瘘瘘管切开术，或者肛瘘瘘管切除术，手术创伤小。由于瘘管位置浅表，即使将其完全切开，也不会造成患者肛门括约肌过多损伤而导致肛门失禁，必要时也可以将手术切口缝合，加速康复。
对于一些瘘管纤维化非常明显，瘘管范围局限的低位肛瘘患者，可以行肛瘘瘘管切除术。切除瘘管以及瘘管周围的瘢痕组织，使切口内为新鲜的组织，肉芽生长快，愈合时间短。
而对于局部有感染，或者瘘管及周围组织范围比较大的低位肛瘘，应行瘘管切开术，尽量减少局部的创伤。