多骨纤维发育不良一般会造成较多的并发症。
主要并发症有以下几点：
第一，骨骼破坏是多骨纤维发育不良最主要的并发症，一般骨骼的损坏从骨髓腔开始，由内向外，最终破坏骨皮质，这种情况可能造成病理性骨折，甚至造成肢体的畸形。
第二，造成皮肤色斑，色斑多为深褐色，小片状分布者多见，特别在背部、腰部及大腿处多见，另外，一般色斑的位置内部多有骨头的破坏。
第三，多骨纤维发育不良可能导致性早熟，特别对于6岁左右的女孩，主要表现为月经来潮等现象。