根管填充有一定疼痛。正常情况下使用输送器将根冲糊剂均匀涂布于根管侧壁，运用侧压法或垂直加压法，将牙胶尖严密充填于管腔内，缩小细菌繁殖的空间，防止产生感染。
在短时间内根管内的压力急剧升高，可能会产生一定程度的胀痛。2~3天左右，疼痛明显减轻。采用过氧化氢或次氯酸钠溶液冲洗根管时，气体有可能溢出根尖孔，导致轻度钝疼。
根充糊剂或牙胶尖也会刺激根尖周组织，引起短暂的应激反应，使牙齿不敢咬合。1周左右疼痛会逐渐缓解，不必进行处理。