甲状舌管囊肿是一种先天疾病，正常情况下，甲状舌管随着甲状腺的发育，在胚胎期是应该自行退化或消失，若在胚胎期随着甲状腺，发育甲状舌管没有完全退化消失，残留的部位就会形成甲状舌管囊肿。
该病最好发的位置是颈部正中，舌骨上下。囊肿生长缓慢，无自觉症状，继发感染时常有疼痛、吞咽困难，囊肿的边界清楚，与周围组织无粘连，位于舌骨下方的囊肿，可随着吞咽和伸舌的动作而上下移动。
目前甲状食管囊肿，根治的方法是手术切除，而且为了防止复发，常将舌骨中份一并切除。