巧克力囊肿和子宫内膜异位症，最主要的区别就是在于发病的位置会有所不同。
子宫内膜异位症指的是，可以生长的子宫内膜离开了子宫腔，然后进入到身体当中的任何一个部位而植入生长，这种情况就被称之为子宫内膜异位症。而子宫内膜异位症随着月经周期的增多，痛经的症状也会出现进行性加重。
而巧克力囊肿虽然是属于子宫内膜异位症的一种，但是主要的位置就是在卵巢。今后随着月经周期的不断增加，子宫内膜异位症的囊肿增大，里面就会出现陈旧的血液。因此而形成咖啡色的粘液，因为形状看起来像巧克力一样，因此被称之为巧克力囊肿。