发生于舌下的囊肿包括舌下腺囊肿或小唾液腺囊肿。它们的治疗方法都是手术切除。
手术切除的方法是将囊肿和波及的腺体一并切除，这样可以有效地防止囊肿的复发。
如果不能耐受手术，可以先将囊液抽出，抽干净之后，在囊腔内注射碘制剂，使囊壁上皮细胞破坏，囊壁纤维化之后就不能再分泌囊液了，也就不会再形成囊肿。
但是有研究表明，这种方法有一定的复发率，因此，最行之有效的治愈舌下囊肿的方法还是手术切除。
手术治疗的关键在于彻底处理囊壁，排空腔内物后再用激光照射内壁，照射囊壁时要彻底、均匀，内壁组织凝固而不会再分泌功能时为停止照射的标准。