对于尿道与阴茎结核患者并发症，主要有两方面：
一、是导致尿道狭窄；
二、是导致瘘的形成。
因为尿道结核反复发作，会导致尿道内部出现瘢痕狭窄，从而影响患者排尿，导致排尿困难、排尿费力，必要时患者只能进行定期的尿道扩张对症治疗；而对于阴茎结核，如果结核侵犯海绵体一直到皮肤导致皮肤出现溃疡破溃，那么患者排尿会从瘘口有尿液排出以及导致患者阴茎内部的结核感染，从而引起前列腺结核和睾丸附睾结核都有可能，如果侵犯导致直肠穿孔，那么会导致尿道直肠瘘都是由于结核导致的并发症。