治疗肺炎球菌脑膜炎，主要是及早应用抗生素。
当明确诊断肺炎球菌引发的脑膜炎时，应选择青霉素进行抗菌治疗，但青霉素容易诱发过敏反应，需要在医护人员的密切观察下应用。在没有确定病原菌的情况下，或者是使用青霉素过敏的患者，可考虑应用头孢唑肟、头孢曲松等第三代头孢类药物，这些药物与青霉素有着相同的杀菌作用。
当应用上述药物治疗效果不佳时，可由医生选择氯霉素、红霉素等其他抗生素进行治疗。针对病情严重的患者，可应用泼尼松、地塞米松等糖皮质激素类药物予以治疗。