真菌感染与细菌感染的龟头炎的区别在于皮肤表面的形态以及治疗手段上。
其中真菌感染引发的龟头炎龟头表面会出现明显的腥臭味，并且伴随着白色的泥状的包皮垢，一般好发于包皮过长的人群。而细菌感染引发的龟头炎则主要会以龟头表面的潮红、糜烂为主要的特点，可能会出现疼痛，与包皮过长也有一定的关系。
在治疗方面，真菌感染引发的龟头炎建议选择抗真菌药物，比如口服的特比萘芬，然后在局部外用硝酸咪康唑乳膏等。而细菌感染的龟头炎则建议使用杀灭细菌的药物，可以涂抹红霉素软膏或者是夫西地酸乳膏。