多发性乳腺囊肿可以进行药物治疗或者手术治疗的方法，根据患者的不同情况可以进行不同的治疗。
对于多发性乳腺囊肿的治疗一般要根据囊肿体积的大小来判断，如果囊肿体积不大，这时可以先进行药物的保守治疗，可以服用一些消肿散结的中成药积极调理，通过一段时间的积极治疗会使囊肿逐渐减小或者消失。而乳腺囊肿体积较大时则需要及时进行手术切除，这样才能达到根治的作用，防止囊肿复发。
在治疗的过程中需要患者保持良好的心态，注意清淡饮食，才能有助于疾病的恢复。