巨细胞病毒性葡萄膜炎，治疗是一件非常棘手的问题。可以抗病毒用药如丙氧鸟苷、阿糖腺苷、无环鸟苷、干扰素等，可以在全身口服的同时，玻璃体腔注射抗病毒药物，最好停止免疫抑制药物的使用。
在诱导缓解后需要长期维持用药治疗，并发孔源性视网膜脱离等并发症时，可以给予眼底激光光凝，玻璃体切割以及硅油填充等方法进行治疗。
此外，可以利用中医辨证施治，在辩证的基础上，以扶正为主，驱邪为辅，巨细胞病毒性葡萄膜炎预后主要取决于患者的免疫状态和视网膜炎能否得到持久的控制。