食管结核和食管囊肿不一样，这是两种不同性质的疾病。
食管结核多是由于感染结核分枝杆菌以后所引起的慢性感染性疾病，一般多发生在晚期的肺结核、喉结核的患者，多会出现吞咽困难、胸骨后疼痛等症状。在进行治疗时，需要规律性地选择抗结核药物进行治疗。
食管囊肿多是由于先天性因素或者是长时间的慢性食管炎、腺体阻塞、黏膜过度增生、胃食管反流等原因所导致的。患者多会出现咳嗽、发绀、吞咽困难等症状。需要根据囊肿大小、症状等选择治疗方法，囊肿比较大时，可以进行手术。