秋季腹泻是否可以服用藿香正气水，需要根据具体情况而定。
因为藿香正气水的临床作用主要是解表化湿、理气和中，针对外感伤寒、内伤湿滞、暑热等引起的感冒、腹泻症状进行治疗。如果秋季腹泻符合上述致病因素，可以服用以改善症状。
如果秋季腹泻症状比较严重，比如伴有明显的脱水症状、继发感染、并发心肌炎，此时如果仅是服用藿香正气水，有可能治疗效果欠佳，只会耽误治疗时机。需要根据病情积极进行抗感染、对症、纠正水、电解质平衡紊乱、支持治疗，才能最终控制病情继续进展，使身体早日康复。